平成１９年度NBRPゲノム情報等整備プログラム成果公開

キイロショウジョウバエ実験室系統および同胞種のSNP情報（ver. 1, 2008.3.31）

DGRCで維持しているキイロショウジョバエの代表的な３２系統、およびその近縁 種、オナジショウジョウバエ５系統、セイシェルショウジョウバ２系統、モウリ シャスショウジョウバエ１系統、合計４０系統について、ゲノム全体にわたりほ ぼ等間隔に存在する１００遺伝子を選定し部分塩基配列を決定し系統間での分子 多型（SNP）の探索を行った。

用いた系統

Strain	DGRC No.	Genotype
S01	201218	y[1] w[67c23] P{w[+mC]=GSV2}GS7375/Binsinscy
S02	201414	y[1] w[67c23] P{w[+mC]=GSV3}GS8136/Binsinscy
S03	202495	y[1] w[67c23]; P{w[+mC]=GSV6}GS10348/TM3, Sb[1] Ser[1]
S04	103518	y[*] w[*]; P{GawB}NP0080 / CyO, P{UAS-lacZ.UW14}UW14
S05	105125	y[*] w[*] P{GawB}NP6099 / FM7c
S06	120218	LA00218
S07	120709	LA00709
S08	110606	FlyTrap: G00147 III
S09	105666	Canton-S
S10	109019	Canton-S-brn
S11	107655	Harwich
S12	103421	Hikone-R
S13	105669	Oregon-R-C
S14	107294	Oregon-R-P2
S15	107658	Oregon-R-S
S16	103453	Staket
S17	106267	t[1] v[1] m[74f] wy[74i] sd[1] os[s]
S18	106359	y[1] cv[1] v[1] f[1] car[1]
S19	107867	y[1] pn[1] cv[1] v[1] f[1] B[1]
S20	105790	al[1] b[1] c[1] sp[2]
S21	105837	b[1] elA[1] rd[s] pr[1] cn[1] or[49h]
S22	106283	ast[1] dpp[d-ho] ed[1] dp[ov1] cl[1]
S23	106383	al[1] b[1] cn[1] sp[1]
S24	105729	ru[1] h[1] st[1] ry[506] e[1]
S25	105998	se[1] ss[1] k[1] e[s] ro[1]
S26	106007	st[1] Sb[sbd-1] e[s] ro[1] ca[1]
S27	106315	nub[1] b[1] rdo[1] hk[1] pr[1] cn[1]
S28	106317	ru[1] h[1] W[1] Sb[sbd-2] Tb[1]
S29	106365	ru[1] h[1] Ki[1] rn[roe-1] p[p] ro[1] ca[1]
S30	106022	ci[1] gvl[1] ey[R] sv[n]
S31	102043	y[1] Hw[1] v[1] Ubl[1] / FM7c
S32	106681	C(1)RA60g, y[1] B[1] w[a]/FM7c/Dp(1;Y)su(f)[+]
S33		D.simulans Rak
S34		D.simulans S2
S35		D.simulans Lhr
S36		D.simulans exf p
S37		D.simulans L3
S38		D. sechellia SS01
S39		D. sechellia SS51
S40		D. mauritiana jbw

方法と結果

各系統のゲノムDNAより下記の表に示したプライマーを用いてPCRを行い各遺伝子 コーディング領域を増幅した。 PCR産物のダイレクトシークエンスを行い塩基配列情報を取得した。 公表されているキイロショウジョウバエゲノム配列を標準配列（ST）として各系 統のSNPをnovoSNP^（１） を用いて検索した。
下の表の各Positionをクリックするとその遺伝子で見つかったSNP部位を抜き出 して表示する。 カラムの上の番号は標準配列の予想PCR産物（下記の表のGene symbolをクリック すると表示される）での位置を表す。色を塗った箇所がST配列と違う塩基を示す。 赤はGATCいずれかに固定しているもの。ピンクは１塩基に固定していないもの、 灰色はシークエンスがきれいに読めずNだったものを表す。

調べた遺伝子

Position	Gene symbol	Chromosome(arm)	Cytogenetic map	Primer(L)	Primer(R)
P001	ewg	X	1A1-1A1	TCTGTTTGTCATCCTCTGAACG	CAAAGGAGTTCGACTGGAAATG
P002	CG14786	X	2A4-2A4	GAACTCATGCGACACCTTCAG	TCAGATTGACGAGCACAAAGTG
P003	CG10260	X	3A8-3A8	GTTCAGCTTCTGCTTGAACACC	GTTTATTCTGCAGCTCCGTTTG
P004	CG32779	X	3F2-3F2	AAGTTCGACGATCAGGAGGATT	GATCCGAGAGATTGATTTGTGC
P005	rg	X	4F3-4F3	AATCACAACAGCAACATGCAAC	ATTTATGGCGCTCGTCTTGTAG
P006	CG14446	X	5E1-5E1	CATTTGGTTCGCTCCAGTGTAT	GTTCATCACCTCCCAGATTTTG
P007	CG9657	X	7B2-7B2	ATCCATATAGTGACGCCCATTG	TTCTCCGGCAAACGTATAATTG
P008	CG12125	X	7E9-7E9	CAAGATCCTTGAACGAATCGAG	CAGCTCGGTAGTCACACAACTG
P009	nej	X	8F7-8F9	TAGAGTCGCTCCACAAACTTGG	CAAGATGCGTTACATGCAAATG
P010	CG2145	X	9F11-9F12	CTGGTTTGGTGGATTCAAGAAG	TGGTGTACAGTAGCTCCGTCAG
P011	CG1492	X	11A1-11A1	CTTGACGAATCCAAACTTCATTG	AAGTCCTGGAGAATGGAGGAAG
P012	HDAC4	X	11E8-11E9	GTAGTGCGTTTGGACCACATTC	ACTGCAACAGTACACCGGATTC
P013	CG9411	X	12E10-12E10	ACGAGCTGTTCGTCAGTGAGTC	CACCCAAGCTGAACTTCCTG
P014	CG15599	X	13E6-13E7	GATCCAGCGGACACACTAATTC	GTTTTGGAAGAAAGCAGCTGTG
P015	CG9609	X	15A8-15A8	TTTGGATAGCCTCGAATGTTTG	CGACAAGACGTACTCGATTGTG
P016	Dhc16F	X	16F6-16F6	CTTAAGTTCACCACCCAGATGC	GTGGATGGGTTCCCTCTTAATC
P017	CG7876	X	18B1-18B1	AGTGGATAACACACCCGACTTC	AGTCGTAAGACGCTGAGCAAAC
P018	RhoGAP19D	X	19D1-19D2	TTAGCCTGCTGCTAGAGTCGTC	CTGCCGGATATAGCCGAAGTA
P019	mst	X	20A1-20A1	GAGACCATCTGGCGAAACAATA	ATACTGCGAGTCTGCGTAAAGG
P020	CG4164	2L	21C2-21C2	GGCCGGGACTTCTACAAAATAC	CTTGTCCTCCTCCGTAAGATCC
P021	frtz	2L	22B1-22B1	GGCTATCTTGTGCAGCGTAATC	GCTGGAATCGATTGCCTATTG
P022	CG8813	2L	23B7-23B8	TGCTATCAACCTATCAGCACGA	TCGAGATGCACTAGTCTTTGGAC
P023	CG31961	2L	24D8-24D8	TAATCCTTGAGGAGGCTCCAGT	CGAGCGTTTGAACAAAAGAAAC
P024	Msp-300	2L	25C7-25C10	CAACAGGTTAGCAAGGATCTCG	CTCCTGCAGTTTGTCCTTGAGA
P025	Tig	2L	26D1-26D1	CTGCTCCACAGTGACATGGTAG	GAACGGACAGTTTGAGATCGAG
P026	CG13792	2L	28B4-28C1	GGGACGTATATTTCCGAAGGAG	ATATCAAGCGATTCGGAGGAAG
P027	CG9465	2L	29F1-29F1	AAAAGTGCGAATTTGCATAGGA	CCAGAACTTTGGCGTTTACAAG
P028	CG4709	2L	30F2-30F2	AAAGAACAATCTGCAGGAGCTG	TTCCGTCGGCTTAAAGGTAAAC
P029	RfC38	2L	32D4-32D4	AAAAATCATCCGTCATGTCCAG	CAATCGGAAGGTAGAGGTGATG
P030	CG6388	2L	33E4-33E4	CTCCGGAAGCTTGCTATGTAAA	TTCATCGAACTCGTAGACAGCA
P031	CG31847	2L	34C3-34C3	AGCAGATTGCCAAACGTACAAC	TGACGGATGTGATTTTTGATGA
P032	CG31835	2L	35B5-35B5	CAAATGACGATCTTCCAGGGTA	TCACTGACATGACCTTGACCAG
P033	TepI	2L	35D6-35D6	CGTTCGGTGGCATAGTAATCAT	CGCAATGCCTATAAAGTTCTGG
P034	CG6304	2L	36B6-36B6	CCAATTGAGGCACTTTCAGTTC	TACGCCCTCAAAAGTCCATTTA
P035	kel	2L	36E5-36E6	GCAAACTGGACTTGGAGATACG	GAACAATGCGATACGAGAACATC
P036	CG17544	2L	37D4-37D5	GAGTAACGAACTGCGATTACGG	GAGAATGACCCCCTTTTTGC
P037	phr6-4	2L	38D2-38D2	TGATTTCTCCTCGAAAGACGAC	GGAGGAATCCCTAAAGGATGAA
P038	CG11634	2L	40B4-40B4	CACTGGATCATGTCGTCACCTA	AAAAGAAGATAGCTGCGTGCTC
P039	Atf6	2R	41D4-41E1	ACGCCATGTTTATTTTCAGACG	TAGGGAATCGCATTCTTTTTCA
P040	bin3	2R	42A13-42A14	ACCAATTAAAATGCTGCCAAAG	CCCAGTTTTGGGCTTCAAGTAT
P041	az2	2R	43D1-43D1	CAAGACTAACTCGCTCCGAGAA	AGTTTCCCCAACTGTACGATCC
P042	gcl	2R	44E3-44E3	TATACAAGGCGCTCTTCAAGGA	ATCCATGTAGTGGTTGGTCAGG
P043	CG12923	2R	46C2-46C2	GAGTTTCTGGACCCAAAGATCC	ACGTCAGACGCCAGTAACTTTC
P044	Cyp12d1-p	2R	47D4-47D4	ACGAACATGGTCTTGAATGGAC	CCAGACCTCGAGGGATATTTTC
P045	CG33964	2R	48E6-48E7	CCTGCCTTGGAAAACTACAAGA	TATTGTTGCGTTTGCTGCTTTA
P046	CG10814	2R	50A3-50A3	TGCCCTCCAGATATTGTGAAAC	TTAAGTTGGCTCTGCCAAAGG
P047	RpI1	2R	51B4-51B6	CTAAAAGGTTTGCCAACGTCAC	TTCAGTTCCTATATGGCGAGGA
P048	Poxn	2R	52C7-52C7	AGCAGTTCTTCGATGGAGTACG	AAGAAGATCATCCGGCTAAAGG
P049	CG6796	2R	53E4-53E4	GGTTATCCCTTCAGTCCCAAAC	AAGCTGCAAGTAACGCTCAAAG
P050	CG5726	2R	55B12-55B12	ATTCGCTTGATACGAGAGTCCA	ATGGAGTACCTGAACGACAAGG
P051	CG10051	2R	56D2-56D2	CCTTGGTAAACCTGGATTCGAC	TATTTGCACCAGAACGGAAATC
P052	Hil	2R	57A7-57A7	AATCGAGAGTCCTGGAACTTGAC	AGGAGGAGGATGACCTATACCG
P053	CG17922	2R	57F9-57F9	AGAGATCCACCACCTTCATGTC	CTTTGCCCATCAATTTGAAAAC
P054	CG3831	2R	59B6-59B7	TCCCCAGTGCTGTGAGATTTAG	CATAGTGCCCAGTGGCTTTAAC
P055	CG16786	2R	60B8-60B9	GTCACCTCAACCATTGAGAAGG	GGAACGACAGAGGTTGAGAAGA
P056	CG7028	3L	61B2-61B2	GCGCTTCTTTCTACGTAGCTCA	ATGCCGCCAGTCCTATTATTTT
P057	CG2469	3L	61F5-61F6	CCTGCCAAGATCTTCTCTCTCA	TCGAGATCTTGAACGGGAACT
P058	msn	3L	62E6-62E7	CAGCACAATGACGGATTCAG	AACATAAACCGCCTGCAAAAG
P059	CG1120	3L	63F1-63F1	ACAAATGCCCTCAGAAATGAGA	CCTTTGGAACTGATCCGTATTG
P060	Con	3L	64C2-64C4	TCGTCTAGTTCCAGCTCACTCAG	GCAACAACATGAACAATGGCTA
P061	l(3)mbn	3L	65A6-65A6	GGTGGTCTTGTCTTCGTATTGG	TGTTCCGGTTGTTTCCTAAAAA
P062	mus312	3L	65F4-65F5	TTATAAATCTCTGGCGGTCCTG	GAAGATGATCGTTCGCTAATGC
P063	CG6765	3L	66D5-66D5	AATCCCAATGGAGTGCTGTATG	AAGTGCCTGCTCCTCGTACTC
P064	CG16719	3L	67C4-67C5	TAAAATCCGAAAACCCCAAATC	AAATCCATCCGTTGGCTAAAAG
P065	CG6409	3L	67F1-67F1	GATGTGGAGATTGTGGATGGAC	CACCTCTGGATGTCAAGGAGTC
P066	Sema-5c	3L	68F2-68F2	CATGGCACCATTTCACACTTC	ACCCAAGTGACGAACTGCAC
P067	CG17687	3L	70A5-70A5	ACAACAATGGCGAAATCTATGC	AAGTTGAGAAAACGGCAGATCA
P068	CG7906	3L	70D4-70D4	CCTGATAACCAGCCACATCAAT	AGCAGTTCCACTGACTCAGCTC
P069	RhoGAP71E	3L	71E1-71E2	ATTGGAGAACAGTGTCCTGTCG	CAGATACGAGAGGCTCTTGGTG
P070	CG9674	3L	73C4-73D1	AGACTTGGCTATCTTGGCCTTC	CGAGAAGGAGTTCGATGATCTG
P071	Grd	3L	75A3-75A4	GTCACATGGGCAACTTTCTGAT	GATGAATAGCAGTGGGAAGACG
P072	BG642378	3L	75F9-75F9	CGGCATCGAAGGAATTATACTG	TTTGACAAAGCAACTGAGCAAG
P073	CG5618	3L	77B5-77B5	CATCTGCAAGTTAGCGGGATAC	GAACCAAAAGCAGACATTGGAG
P074	CG7177	3L	78D5-78D6	AAATGATTTGGAACTGCACCTG	GCGTTTTAGTGTCAGTCGTGTG
P075	CG11241	3L	80A1-80A1	CAGCCAGACCTTTGAGGAAGTA	AAACATCTACATGCACCCCAAG
P076	CG14656	3R	82D5-82D5	CGAGAGGTCTTCTTCCTCGATT	CTTAGGTGCAGCAAGCTTTGAC
P077	CG11459	3R	83D2-83D2	CCGACTAAAAGAACGGAGTGTG	TAATCCTTCTGCTCCTTGTGGA
P078	sas	3R	84C8-84D1	AAGGACGAGGAGAAGAGACCAC	AGGATTGTCTGCTGCAAGTGTT
P079	CG11718	3R	84F15-84F15	GGCGTACTTCTGTAGCGTCTTG	GTGAGTTCCACGAGCACTATCC
P080	RnpS1	3R	85D24-85D24	CTCCTCGAGCTCCTCATCATC	GGTTCCTCATGGGTGACTGAC
P081	Cap-H2	3R	86C5-86C6	AGTTGATCCCTATTTGCTCACG	TTCCATACTGATCCCTGAATCG
P082	Cad87A	3R	87A1-87A1	GTGTGGAACAGGAGCTGGTAGT	TCAGACAGGAGAACTGCGTACA
P083	CG10148	3R	87D13-87D13	CACTGGCATCCAACTCCTTTAG	ATGGTGAAAATCGTGAACCAAC
P084	trx	3R	88B1-88B1	AAAGCGGCACTTATAGGAAAGG	CTCCAAGTCGATCAACCGTAAG
P085	Rh6	3R	88F6-88F6	GCATCATTGGCTTTGTGATTG	TCAATCCGTACACAATGGGATT
P086	CG14906	3R	89D6-89D6	CCTCCTGGTTGCAATGTTCTAC	CAAAGGCATTGAGGAAGACAAG
P087	CG17802	3R	90C5-90C5	CAGAACTGGCAAGCGTATGG	ACCAACAATCGACTGACAATCC
P088	gatA	3R	91E4-91E4	GCCTTATACTGTTGCGAGTGCT	CTTATTCCGCTGGTCAATTCC
P089	CG15923	3R	92F3-92F3	ATGAGACGCTCTAGGGTCAGC	GGCTGGTCATCTGTCCATCTAT
P090	CG7956	3R	93E4-93E4	TGTAGACGAGCAAGAGGGCTAC	CTGTCATCAAATGCTTCGTGAG
P091	CG31158	3R	94B5-94B6	GACTTATAATGCGCCACTCCAG	ACACATCGCTCTTCTTGAAACC
P092	Nup98	3R	95B1-95B5	GAGAGTTTCTTCCAGGGAATGC	TTCAGCTTAACGACTGCCTCTC
P093	CG11089	3R	96B2-96B2	TCTTCTCAGTGTGTCGGACAAG	TAATACCATCGGACACCTCTCG
P094	CG14556	3R	97A1-97A1	CGTCGATGAGAAGGTCAGTTTC	TAATTGGCGCTGTCTTCAAGTT
P095	CG3339	3R	97F1-97F2	CCAGGGTCAGAATCTTGTTGTC	GTCGGTCGGAATTTTTATCACC
P096	Ppn	3R	98D3-98D4	AATGCAGAAGTTTAGGCAATCG	CGAGTGTGCCAACTACGTTACC
P097	Kul	3R	99B9-99B9	AAGAGGACAAGAGCGAGGAGTC	GTAGTTACCGGGGAATCGGTAG
P098	Aph-4	3R	100B1-100B1	TACAACGTGGACAAACAAGTGC	TTAGCTGTCCCCAGGATATCAG
P099	pan	4	102A4-102A4	ATGAGCACGGAAGTCAGCTAAG	GCGTTTGGAGGATTGCTAGATA
P100	Dyrk3	4	102F-102F	ACGTCCTTGTTGCTTGAGTAGC	GACAAAAGATGTTCCTGGGTTG

参考

(1) Weckx, S., Del-Favero, J., Rademaker, R., Claes, L., Cruts, M., De Jonghe, P., Van Broeckhove, C., & De Rijk, P., 2005. novoSNP, a novel computational tool for sequence variation discovery. Genome Research 15: 436-442.